在口袋妖怪这款游戏中， 当进行第二次游戏时， 会出现哪些不同的情况呢？
完成绿宝石的初次挑战后，再次进入游戏便解锁了该系列的二次挑战模式，其中包含众多新增角色以及各种隐藏道具，许多动物只有在通关后才可捕捉，它们大多出现在故乡的楼上，当从楼上下来时，会遇见父亲，通过他可以获取一张船票，这张船票在后续乘船环节将发挥作用。父亲离世后电视里会报道有巨鸟从天而降，母亲让我们挑选它的羽毛是鲜红还是宝蓝，接着会在丰缘的地图上偶然碰到它。刚一出门就会被人叫走，原因是博士要帮我们更新图鉴，随后我们飞往凯那市搭乘船只前往水静市。在船舱的第二间舱房稍作歇息就能到达，无需下船，原地会显现新的选择。
先要向招待所申请许可证，才能在区域内自由活动，房间里的四位可以具体了解各项设施情况。在金字塔开展较量，但底部存在一棵异常的树木，使用吼吼鲸作为水壶向它喷射，因为它惧怕水，会立刻发起攻击，实际上是伪装成高手的胡说说。处理完这个难题， 我们便沿着瀑布往下走，前方出现一处山洞。洞内仅栖息着图图犬这种生物。它所在的区域可以一直延伸至北方，那里其实是亚希达的居所，外观显得有些狭小。此处设有交换设施， 我们能够向该房间的两位老年女性用BP换取能力。