在宝可梦绿宝石游戏中，要开始第二个剧情阶段，必须先经历第一个阶段的主要故事情节，并且还需要达成一些特定的要求。
玩家必须战胜一周目的最终头目，包括精灵联盟的四大天王和冠军，这代表一周目故事段落完成。接着，游戏会建议玩家返回住处，这便是二周目冒险的开端。
在家里，角色会和长辈交谈，得到若干线索和物件，比如船券。这张船券是去往新区域的必要凭证，角色必须到指定码头，凭船券搭乘船只前往崭新的探秘场所。在轮船上，角色或许会遭遇些新的事件和对话，为后续的两周目探索埋下伏笔。
进入新区域时，角色将遇到诸多新的考验和使命。这些考验或许涉及发掘未知的领域、猎捕新的生物、对抗新的场馆和场所等。相较于初次进行，再次游玩时难度会有所增加，不过也能让游戏者享受到更加充实和多元化的过程。
另外，在第二次游玩时，玩家能够解锁部分隐藏的情节和挑战，这些隐藏情节或许需要玩家达成特定要求或进行特定操作才会展现，它们往往能给予玩家额外的回报和意想不到的体验。
整体而言，要开始宝可梦绿宝石的第二遍游戏，玩家必须先通关一遍主线故事，同时达成若干特定要求。在第二遍游戏中，玩家会遭遇新的考验和使命，会去往新的游戏地带，会捕捉新的神奇宝贝，还有可能触发秘密的故事情节和任务，从而获得更加充实多元的游戏感受。