终极翡翠第二阶段故事进展：经历首次游戏剧情后，角色会重返出生地。届时，将接到新的使命，宣告第二阶段正式启程。
二周目时，玩家可前往全新区域，那里设有崭新的城市和道馆。这些地方会带来新的考验，并遭遇实力强劲的训练家。为了应对更高难度的对战，必须增强宝可梦的等级，掌握更多奥妙技能。
更强的对手：在第二次游玩时，你将遭遇更为强悍的敌人，这涵盖了实力更强的野生宝可梦、教练，乃至一些行踪诡秘的团体。为了能够战胜他们，你务必持续增强自身的战斗能力。
接下来的故事线里，你会进一步揭开游戏背景的谜团，这涵盖神秘团体的真实意图，以及他们同你的联系，同时还能知晓更多关于精灵世界的隐秘内容。
最后的考验：全部试炼结束之际，你将遭遇最终考验——游戏顶点的强敌。这是一次艰苦的较量，必须倾尽全力，或许才能赢得成功。