红宝石版游戏中可捕捉的神兽数量有限,仅包括固拉多、烈空坐、三神柱、拉帝欧斯和拉帝亚斯这几只。要捕获固拉多,需前往琉璃市的觉醒神殿内部。而烈空坐则存在于天空之柱的最顶端。

三神柱在布告石室成功解开之后，被分别擒获于111号道路的洞穴中，在120号道路的洞穴里也捕获了它们，还在105号道路的洞穴中发现了它们。

拉帝欧斯在第一次通关后会在丰缘地区随机出现，拉帝亚斯能在获得无限船票后从南方孤岛捕捉，无限船票的获取方式是通过参加官方活动，不过那个官方活动现在已经取消了，所以红宝石版本现在无法通过常规方法去南方孤岛了。

宝可梦红宝石和宝可梦蓝宝石是任天堂公司推出的第三代宝可梦游戏作品，游戏背景设定在气候温暖且雨水充沛的丰缘地区。

本作首次设立了收录部分宝可梦的专属图鉴，从此以后新一代的游戏无法进入前一代的地域，在红宝石和蓝宝石游戏中，甚至难以捕捉图鉴中未收录的宝可梦。

因此本作涉及两个宝可梦系列游戏，这两个系列游戏若无通信互动则无法解锁全国图鉴，而且在火红叶绿发售之前，玩家们仅能使用区域图鉴。

红宝石蓝宝石跟第三代其它游戏不一样，它不用达到宝可梦中心，也不需要满足拥有两只或更多宝可梦的条件，就能跟火红叶绿和绿宝石互相联系，对游戏进展没有任何限制，而且只要交换过任意一只宝可梦，全国图鉴就会立刻解锁。

8、这是第一个每秒显示帧数达到60的宝可梦游戏。

从红宝石蓝宝石时期起，各个版本中相同宝可梦的图像没有区别。

红宝石和蓝宝石设有交替日夜的机制，然而游戏中的场景并没有随昼夜变化的视觉表现，计时系统虽然包含星期的概念，但在游戏中无法进行查看，日夜的区分也并非依据现实时间来安排。