《口袋妖怪红蓝宝石》尽管部分玩家早已多次通关，但考虑到新玩家的陆续加入，笔者特意梳理了二周目的主要内容，并加以简要介绍，以便于大家更好地认识后续游戏流程。
切换到主角的视角，从楼下下来，父亲会递给你一张入场凭证，离开家门，会碰见一位神秘少女，暂时先不要去理她，前往对方住所寻找对手，接着来到橙华市小光住所的入口处，会遭遇火岩队的头目－冓火，将其击败后，大吾会通过电话联系你，邀请你前往卡那兹市，抵达卡那兹市后，前往得文制造股份有限公司，在那里见到大吾，大吾的父亲会指示你去石之洞窟，也就是格斗道馆旁边的那个洞穴，寻找陨石碎片。在洞窟内部，发现谜之少女。开战～
完成事务之后，她会赠予你陨石碎块，大吾随后致电请你前往绿岭宇宙中心（火箭发射台），抵达那里后，前往中心二楼，研究员、大吾与一位神秘少女将谈论陨石以及三千年前的事宜，随后大吾会邀你去流星瀑布，进入瀑布内部（需进行攀爬），在那里遇见大吾与一位长者，他们会向主角揭示裂空座的秘密。返回卡那兹市，主角刚抵达公司门口，就遭到一名研究员的猛烈冲击，被撞得东倒西歪。事后查明，这是火岩队的恶作剧，真是让人忍无可忍！
完成翻滚动作后，向绿岭市方向飞去，向右行进，看到许多火岩队成员聚集在此。抵达绿岭宇宙中心，主角忽然遭到５ｐ攻击。结束翻滚，前往二楼与大吾联手消灭干部－冓火。谜之少女离开后，前往水静市右侧的火岩队据点，并翻滚至最里层的房间，在那里遇见谜之少女。火岩队队长的Key Stone被谜之少女夺走，接着主角接到大吾来电，大吾邀请主角前往绿岭宇宙中心。
前往二楼时，大吾会邀请主角前往琉璃市的觉醒祠堂，在那里可以见到米可利，他建议前往１３１号水路的天空之柱，在那里他将发起挑战，到达天空之柱后，会遇见一位神秘少女，她向主角说明裂空座、固拉多、盖欧卡以及Mega进化的关联，在到达顶部之后，主角将与神秘少女共度一夜，随后她将召唤裂空座，请务必成功捕获它
PS：裂空座会无限復活，只能捕捉牠，继续进行剧情。
被捉住，那个神秘的女孩要考验你一番，成功通过，男主角会乘着天空之庭飞往太空，去摧毁掉流星，代欧奇希斯登场！第八十级
PS：可逃走／杀死/捕捉
二週目后重打四大天王，代欧奇希斯会復活于天空之柱