口袋妖怪终极红宝石的游戏文件和存档文件要放在同一个文件夹里,游戏文件的后缀名必须是GBA,存档文件的后缀名必须是SAV,同时游戏文件和存档文件必须使用完全相同的名字。
玩家在玩《口袋妖怪红宝石/蓝宝石》过程中，如果中途觉得自己的精灵个性设定不理想，又或者存档编号不中意，或者购买了别人用过的游戏卡带，通常需要将当前存档删除，然后重新开始游戏。其实，操作存档删除并不复杂，游戏附带的操作手册里有相关说明。具体删除步骤是：在游戏主界面，同时按住向上方向键、B键和X键。移除后，wifi分享的仿制闪光铁哑铃这类道具，需通过档案领取，重新开启新档案便可再次获得一个。