蜂蜜蛋糕最初诞生于荷兰古代，当时的上流人士在款待访客时会借助它，向客人传递主人最崇高的敬意。
十六世纪前后，德川幕府推行闭关政策，仅允许外国船只停靠长崎等个别港口，荷兰商人因此特意拜见天皇，进献荷兰王室款待贵宾的精美糕点，糕点独特的芬芳味道与细腻的质地，立刻赢得了天皇的喜爱。
十七世纪时，葡萄牙的传教人员与商业人士也跨越海洋抵达长崎，他们为了与当地居民建立友好关系，决定向贵族赠送葡萄酒，向平民提供点心，以此作为传播基督教的途径，这种由糖、鸡蛋和面粉制成的点心，很快受到民众的广泛喜爱，长崎蜂蜜蛋糕便由此诞生。